Σειρά υποχρεώσεων απέναντι στην εφορία απορρέει για τους αγρότες που εντάσσονται στο καθεστώς του κώδικα τήρησης βιβλίων και στοιχείων, σύμφωνα με την ενημέρωση που έχουν τις τελευταίες ημέρες οι ενδιαφερόμενοι από τα λογιστικά γραφεία.
Το «τοπίο» εξακολουθεί να είναι «θολό» καθώς μέχρι τώρα δεν έχει αποσαφηνιστεί ποιες δαπάνες είναι δυνατόν να υπαχθούν στα έξοδα και όπως και σειρά ακόμα θεμάτων που αφορούν την ασφάλιση των εργαζομένων στις καλλιέργειες, πώς θα γίνει η φορολόγηση αφού μέχρι τώρα ελάχιστοι είναι οι αγρότες που έκαναν έναρξη επαγγέλματος στην εφορία, πώς θα αντιμετωπιστούν περιπτώσεις φυσικών καταστροφών και πολλά άλλα.
Οι δεκατρείς υποχρεώσεις πάντως που απορρέουν από το νέο τρόπο φορολόγηση των αγροτών είναι συγκεκριμένες, (οι ίδιες με τους εμπόρους και τους επιχειρηματίες) σύμφωνα με τα λογιστικά γραφεία και έχουν ως εξής:
1. Μεταβολή στο μητρώο της εφορίας για τη μετάβαση από το ειδικό καθεστώς στο κανονικό.
2. Τήρηση βιβλίου εσόδων και εξόδων, καταχωρώντας σε αυτό όλα τα έσοδα (τιμολόγια που εκδίδουν) και τα έξοδα (τιμολόγια που λαμβάνουν) που αφορούν στο επάγγελμα του αγρότη.
3. Έκδοση τιμολογίου σε περίπτωση πώλησης των προϊόντων τους προς οποιονδήποτε, χρεώνοντας και εισπράττοντας ΦΠΑ επί της αξίας.
4. Οι αγρότες να λαμβάνουν τιμολόγιο για κάθε αγορά (εφόδια, μηχανήματα, εργαλεία, σπόρους, καύσιμα κλπ) ή παροχή υπηρεσίας που τους προσφέρεται, π.χ. διάφορες μελέτες. Επίσης σε περίπτωση που οι αγρότες απασχολούν εργάτες, αυτοί πληρώνονται με εργόσημο και το στέλεχος του εργόσημου θα διαφυλάσσεται για να καταχωρηθεί ως δαπάνη.
5. Μέχρι τη 15η ημέρα κάθε μήνα υποβάλλουν στο TAXIS (υπουργείο Οικονομικών), καταστάσεις για τα τιμολόγια εσόδων που έχουν εκδώσει τον προηγούμενο μήνα.
6. Κάθε τρίμηνο υποβάλουν στο TAXIS (υπουργείο Οικονομικών) καταστάσεις με τα τιμολόγια που λαμβάνουν εντός του τριμήνου.
7. Το πρώτο εικοσαήμερο κάθε μήνα που ακολουθεί κάθε ημερολογιακό τρίμηνο, δηλαδή το πρώτο εικοσαήμερο των μηνών Απριλίου, Ιουλίου, Οκτωβρίου και Ιανουαρίου υποβάλλουν προσωρινή δήλωση ΦΠΑ για τις πωλήσεις, τις αγορές και τις δαπάνες του τριμήνου.
8. Υποβάλλουν εκκαθαριστική δήλωση ΦΠΑ κάθε Φεβρουάριο στην οποία δηλώνουν συγκεντρωτικά τις πωλήσεις, τις αγορές και τις δαπάνες καθώς και το ΦΠΑ που αναλογεί σε αυτές που έγιναν τον προηγούμενο χρόνο.
9. Υποβάλλουν δήλωση φορολογίας εισοδήματος το Μάρτιο κάθε έτους στην οποία εκτός του Ε1 πρέπει να συνυποβληθεί και το έντυπο Ε3.
10. Έχουν υποχρέωση, όπου προβλέπεται από τις φορολογικές διατάξεις, να παρακρατούν φόρους και να τους αποδίδουν στο δημόσιο.
11. Δεν έχουν δικαίωμα να λάβουν επιστροφή ΦΠΑ από τις πωλήσεις αγροτικών προϊόντων
12. Έχουν δικαίωμα να ζητούν απαλλαγή ΦΠΑ για τις αγορές πάγιου εξοπλισμού, π.χ. τρακτέρ, εφόσον το πάγιο είναι καινούργιο και η αξία του υπερβαίνει κάποιο όριο που προσδιορίζεται από το υπουργείο Οικονομικών.
13. Ο ΦΠΑ που εισπράττουν, πωλώντας τα προϊόντα τους, συμψηφίζεται με το ΦΠΑ που πληρώνουν αγοράζοντας αγαθά και υπηρεσίες. Εάν το ποσό του ΦΠΑ που έχουν εισπράξει μέσα στο τρίμηνο είναι μεγαλύτερο από το ΦΠΑ που έχουν πληρώσει μέσα στο ίδιο τρίμηνο, τότε η διαφορά αυτή αποδίδεται στο δημόσιο με την υποβολή της προσωρινής δήλωσης ΦΠΑ. Αν ο ΦΠΑ που έχουν πληρώσει είναι μεγαλύτερος από αυτόν που έχουν εισπράξει, τότε η διαφορά μεταφέρεται για συμψηφισμό στο επόμενο τρίμηνο
