Με το ΠΔ 98/2012 που δημοσιεύθηκε στο ΦΕΚ 160/10-08-2012 στο Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης & Τροφίμων μεταφέρονται από το Υπουργείο Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας, Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων, οι αρμοδιότητες της αλιείας και ειδικότερα το σύνολο υπηρεσιών, αρμοδιοτήτων, οργάνων, θέσεων και προσωπικού:
α) Γενικής Διεύθυνσης Αλιείας
β) Ειδικές Αποκεντρωμένες Υπηρεσίες Αλιείας σε επίπεδο Τμήματος
γ) Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης Επιχειρησιακού Προγράμματος «Αλιείας»
δ) Ειδική Υπηρεσία Εφαρμογής Δράσεων Επιχειρησιακού Προγράμματος «Αλιείας»
ε) Συμβούλιο Αλιείας
στ) Σταθμό Ελέγχου Αλιευτικών Προϊόντων Αεροδρομίου Αθηνών.
Αρμόδιος για τον τομέα της αλιείας είναι ο Υπουργός Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, κ. Αθανάσιος Τσαυτάρης.
